Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor P. 25/Menlhk/Setjen/OTL.0/1/2016 tanggal 29 Januari 2016, tentang Organisasi dan Tata Kerja, disebutkan bahwa, secara organisatoris Balai Penelitian dan Pengembangan Lingkungan Hidup dan Kehutanan (BP2LHK) Makassar bertanggungjawab langsung kepada Kepala Badan Penelitian, Pengembangan dan Inovasi Kementerian LHK.

Untuk pelaksanaan tugas dan fungsinya sebagaimana telah diuraikan diuraikan diatas, ditetapkan beberapa komponen dalam struktur organisasi Balai yaitu :

1.     Sub Bagian Tata Usaha

2.     Seksi Program dan Evaluasi

3.     Seksi Sarana Penelitian

4.     Seksi Data, Informasi dan Kerja sama dan

5.     Kelompok Jabatan Fungsional

Lampiran           : Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan

Nomor               : P. 25/Menlhk/Setjen/OTL.0/1/2016

Tanggal             : 29 Januari 2016

Struktur Organisasi Balai Penelitian dan Pengembangan Lingkungan Hidup dan Kehutanan (BP2LHK) Makassar sebagai berikut :

Kepala Balai : Ir. Misto, MP

Kepala Sub Bag Tata Usaha : Drs. Baharuddin

Kepala Seksi Program dan Evaluasi : Aris Ristiyana S.Hut, M.S

Kepala Seksi Sarana Penelitian : M. Azis Rakhman, S.Hut

Kepala Seksi Data, Informasi dan Kerjasama : Ir. Turbani Munda, M.Hut

Ketua Kelti Silvikultur : Ir. Suhartati, MP

Ketua Kelti KSDH :  Hasnawir, S.Hut, M.Sc, Ph.D

Ketua Kelti Sosek : Nurhaedah M, S.P, M.Si